《光灵：武士之魂》是《光灵》的衍生作品，背景是同一个宇宙，但这回来到日本的幕府末期与明治时代之间，浪人伊藏与半兽人雷登并肩合作，护送拥有魔杖的精灵小女孩前往北方的精灵国度……

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故事从天帝一正一邪两缕仙魂转世下凡开始，一缕精魂化为战神长生，却能挖心不死；一缕精魂化身云荒，被冥王囚禁魔族幽云地狱百年，日日受噬魂钉之苦。阴谋诡计接踵而来，引导着两缕精魂自相残杀。神兽乘黄化作灵动少...

留守的三个家庭四个还在为了能够和在外打工的父母一起吃顿团圆饭，策划了一场恶作剧，经过冰火两重天，兜兜转转五百公里，四个孩子终于与各自父母相聚。

萩乃和丈夫、女儿搬到了一套独栋的二手房子里。有一天，外出的萩乃接到了女儿萌花打来的求助电话。慌忙回家的萩乃看到的是荒废的房子和衣服被撕开的萌花，还有骑在萌花身上的陌生少女。她的名字叫小千，曾经在这个家里生活过，但是因为发生了一件事而离开了这个城市。小千的存在，戳穿了乍一看很幸福的萩乃一家人想要隐藏的“毒”。

姬如雪为救李星云坠崖生死未卜，李星云苦苦找寻姬如雪，同时继续追查龙泉宝藏的下落。江湖各派为夺宝藏心怀鬼胎、各自派人跟踪暗算李星云、张子凡、陆林轩等人。陆林轩意外中毒导致失忆，张子凡心痛不已，决定于陆林轩成亲。成亲当日，张子凡再遭暗算，陆林轩再次中毒被送往幻音坊疗伤。陆林轩被女帝用功修改记忆，成为一名杀手，刺杀张子凡过程中被九叔十叔打伤，再次陷入昏迷。此刻，姬如雪得知神秘身世，李星云离龙泉宝藏越来越近，就在群雄集结龙泉宝藏之时，又一个惊天秘密震慑众人……

遠き過去。とある惑星にて文明を築きし「ゼノ・パレス」は、その文明の発展ゆえに自らの母なる惑星を壊し、自分たちの生き残る道を宇宙へと求めた。彼らは自分たちの遺伝情報を移民戦艦に封印。一部の選ばれた民が船を動かすために動き、他の民は彼らに希望を託して永い眠りにつく。選ばれた民である移民船の乗組員たちの目的はただ一つ。宇宙のどこかにあるという、彼らを受け入れし「約束の星・テーラ」を探し出すこと。そしてテーラへの移民だった。そして、ついにテーラは見つかる。しかしそこには独自の進化を遂げた初期段階文明の人間たちがいた。この事実に「ゼノ・パレス」は真っ二つに分かれる。一つは初期文明の人間を抹殺もしくは支配して移民をすぐさま完成させようとする強硬派。もう一方は長い年月をかけた話し合いによって現地文明と歩み寄り解決を見出そうとする穏健派だった。二者の争いは戦争にまで発展。しかし争いに長ける事の無い穏健派は全く逆の強硬派に押されていく。そして穏健派は滅びの寸前に最後の手段を強行した。それは自らの持つ三体の「ゼノンズ・ガーディアン」と呼ばれるロボットとそれを格納する戦艦をテーラに飛ばし、原住民に託して強硬派と戦わせることだった。流れる星となってテーラに落ちる「ゼノンズ・ガーディアン」は、その星で「日本」と呼ばれる国の蝦夷地、江戸、薩摩と呼ばれる土地に落ちた。そして、ロボットと戦艦はその地に生きる原住民たちの手によって地中深くへと封印されたのである。それが江戸時代のことであった。そして時は流れて現在。ついに準備を整えた「ゼノ・パレス」は地球侵略の狼煙を上げる。テーラと呼ばれし星・地球が危機に陥ったとき、北海道、東京、鹿児島のそれぞれの土地から、その命運をかけて希望の光が飛び立つ！